Záchranná britská loď přivlekla opuštěnou Mary Celeste do Gibraltaru, kde začalo vyšetřování. Slyšení vedl Frederick Solly-Flood, muž popisovaný jako arogantní a tvrdohlavý. Svědectví členů posádky Dei Gratia ho osobně přesvědčilo, že musel být spáchán zločin.

Solly-Flood nejvíce podezříval posádku lodi Dei Gratia. Naznačoval, že kapitána Briggse a jeho rodinu mohli zavraždit. Tato teorie však byla z velké části vyvrácena, když se zjistilo, že domnělé krvavé skvrny na lodi nejsou krev. Navíc vyšetřování opakovaně potvrdilo, že nic cenného nebylo odcizeno a že kapitáni byli přátelé.

Navzdory intenzivnímu vyšetřování a mnoha teoriím slyšení v Gibraltaru nevedlo k definitivní odpovědi na otázku, co se s deseti lidmi na palubě Mary Celeste stalo.