Kotalík se zajímal především o historii české architektury. Byl odborníkem a současně aktivistou, členem mnoha spolků a sdružení, jejichž cílem je ochrana a propagace kulturních hodnot.
Jiří T. Kotalík se narodil 14. února 1951. Jeho otcem byl Jiří Kotalík, historik umění, člen Skupiny 42 a odborník na moderní umění, který v letech 1967 až 1990 vedl Národní galerii v Praze.
Jiří T. Kotalík po otci podědil zájem o historii výtvarného umění. Studoval dějiny umění a historii na Univerzitě Jana Evangelisty Purkyně v Brně a dějiny umění na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze, poté pracoval v Pražském středisku státní památkové péče a ochrany přírody.
Na Škole architektury Akademie výtvarných umění začal externě přednášet v roce 1980, od 1. ledna 1984 byl asistentem katedry dějin umění.
Vedle výuky dějin umění a architektury na AVU na sebe Kotalík upozornil jako kurátor a organizátor již za normalizace. V roce 1981 pomáhal uspořádat slavnou výstavu Malostranské dvorky. Mladí umělci tehdy instalovali svá díla přímo ve dvorcích Malé Strany v Praze. Ideologicky nezatížené, hravé pojetí akce vyvolalo nebývalý zájem veřejnosti.
Ve stejné době se Kotalík zasadil o záchranu kubistického kiosku ve Vrchlického sadech u pražského hlavního nádraží. Drobná stavba, jejímž autorem je pravděpodobně Pavel Janák, byla v roce 1980 určena k demolici. Kotalík ji pomohl nejen administrativně zachránit, ale se skupinou přátel také zrenovovat.
Po roce 1989 se Jiří T. Kotalík naplno zapojil do organizování kulturního života. Byl členem vědecké rady Národního památkového ústavu, rady ministra kultury pro vědu a vývoj nebo exekutivního výboru Národního komitétu ICOMOS.
V 90. letech pomáhal znovuobnovit Spolek výtvarných umělců Mánes a opakovaně mu předsedal. Stal se jedním z kurátorů rozsáhlého projektu Deset století architektury. V letech 2003 a 2004 byl ředitelem Národního památkového ústavu. S architektem Davidem Vávrou vydal úspěšné knihy Obrazy z dějin české architektury (2003) a Drobné perly české architektury (2012).
O Kotalíkově nadšení pro architekturu svědčily jeho komentované prohlídky či exkurze, které byly proslulé a pro jejich účastníky nezapomenutelné. Za celoživotní dílo a šíření dobrého jména české vědy Kotalík v roce 2018 dostal medaili Josefa Hlávky.
