Kromě racionálních vysvětlení existuje mnoho nepravděpodobných teorií o zmizení posádky Mary Celeste. Zahrnují únosy mimozemšťany, paranormální jevy, útoky obřích chobotnic a spojení s Bermudským trojúhelníkem (přestože loď byla nalezena v úplně jiné části Atlantiku).

V roce 1924 deník Daily Express publikoval smyšlený příběh, podle kterého posádka Mary Celeste nalezla opuštěný parník s pokladem a rozhodla se začít nový život ve Španělsku.

Jedním z nejbizarnějších příběhů byl údajný deník Abela Fosdyka z roku 1913, který tvrdil, že kapitán Briggs skočil do moře, aby dokázal, že umí plavat i kompletně oblečený. Když se pódium pro diváky zřítilo, všichni kromě Fosdyka se stali potravou pro žraloky. Později se ukázalo, že Fosdyk nikdy neexistoval a celý příběh byl novinářským výmyslem.

Vědci se dnes přiklánějí k teorii o výbuchu alkoholových výparů, který mohl vyděsit posádku natolik, že opustili loď v záchranném člunu a později zahynuli v bouři.