Původní moderátorkou pořadu, který vznikl v roce 1992 v ostravském studiu České televize, byla nejdříve jen samotná animovaná medúza. Zatímco její animaci u počítače obsluhovali dva lidé, hovory od diváků přijímala telefonistka. Pořad Medúza byl prvním animovaným hudebním automatem v Česku a jeho jednoduchý herní princip a dramaturgii vymyslela Kateřina Ondřejková, která podmořské postavičce propůjčila i svůj hlas.
V 90. letech se Medúza několikrát změnila. Chvíli byla součástí dětského pořadu Mini-maxi, který moderovala tehdy dětská zpěvačka Lucie Vondráčková, a v roce 1997 se Medúza zase osamostatnila. Tou dobou šlo o první živě vysílaný hudební magazín s hitparádou v Česku. Postupně se měnil obsah i design pořadu a přibyli i moderátoři.
Nejúspěšnější moderátorskou dvojicí se stali Richard Krajčo a Aleš Juchelka, který dokonce získal na dětském filmovém a televizním festivalu Oty Hofmana v Ostrově cenu za nejsympatičtějšího moderátora. Později se začalo Krajčovi dařit také jako frontmanovi kapely Kryštof. Zpěvák ale v roce 2009 postupně přestal stíhat všechny povinnosti a musel moderování přenechat samotnému Juchelkovi.
Nakonec skončil i Juchelka a pořad nově moderovala zpěvačka kapely Toxique Klára Vytisková, která byla známá i díky svému extravagantnímu módnímu vkusu. Společně s ní se změnila podoba pořadu i jeho design a z původní Medúzy už téměř nic nezbylo.
Zániku původní koncepce hitparády začala odpovídat i klesající sledovanost. Právě z toho důvodu se pořad začal vysílat jen jednou za 14 dní a střídal se s další hudebním pořadem Musicblok. Později se Medúza s Musicblokem spojily do celku pod názvem MM. V červnu 2012 ale Musiblok zanikl a s koncem roku 2012 skončila po 20 letech vysílání i samotná Medúza.
