Nikde nebyl žádný náznak boje a nechyběl ani náklad - jen jeden záchranný člun. Spekulace ohledně toho, proč posádka opustila loď, zahrnují piráty, vzpouru a dokonce i mořské příšery. (Na fotkách Sarah Briggsová, manželka kapitána lodi Mary Celeste, a její dvouletá dcera Sophia. Obě byly pasažérkami zmizelé lodi.)
