V době jeho zmizení FBI uvedla, že mohlo být spojené s mocenskými snahami v odborovém svazu a zároveň s údajnými vazbami na zločinecké gangy. Oblíbené teorie z uplynulých let uvádějí, že Hoffa byl pohřben pod starým stadionem Giants v New Jersey či na koňské farmě v Michiganu, že ho stáhl aligátor do bažiny na Floridě, případně že jeho tělo bylo spáleno. (Na snímku James P. Hoffa, syn zmizelého odborového předáka.)
