Po záhadném incidentu pokračovala Mary Celeste ve službě pod různými majiteli. V lednu 1885 narazila na útes Rochelois a ztroskotala u ostrova Haiti. Její kapitán Gilman Parker ji tam úmyslně navedl na útes při pokusu o pojistný podvod.

Parker pak prodal práva na záchranu lodi americkému konzulovi za 500 dolarů a uplatnil pojistný nárok na údajnou hodnotu nákladu lodi. To byl konec jedné z nejproslulejších lodí, které kdy brázdily moře.

Na rozdíl od prvotních tvrzení byl vrak Mary Celeste podle archeologa Jamese Delgada s jistotou identifikován. Delgado porovnal zbytky vraku s historickými záznamy a po pečlivém studiu fragmentů dospěl k závěru, že se skutečně jedná o tuto loď.

Mary Celeste tak zakončila svou pozoruhodnou historii, která začala jednou z největších námořních záhad všech dob - nevysvětlitelným zmizením celé posádky uprostřed Atlantiku v prosinci 1872 - a skončila na korálových útesech Karibiku o třináct let později.