Existuje mnoho teorií o tom, proč posádka opustila plavbyschopnou loď. Jedna z těch v současnosti považovaných za nejpravděpodobnější souvisí s nákladem alkoholu, konkrétně s devíti sudy, které byly nalezeny prázdné. Námořníci ale alkohol vypít nemohli  - denaturovaný alkohol je líh, který byl chemicky upraven tak, aby nebyl poživatelný.

Devět prázdných nalezených sudů bylo údajně z jiného dřeva než zbytek. Někteří lidé tak naznačují, že mohlo jít o únik výparů, které u kapitána vyvolaly obavy z výbuchu. Kapitán Briggs, zkušený námořník, mohl nařídit dočasnou evakuaci na záchranný člun, který by byl tažen za lodí, dokud se výpary nerozptýlí. Pokud by se ale vlečné lano přetrhlo, posádka by zůstala bezmocně sledovat, jak se Mary Celeste vzdaluje, což by znamenalo jistou smrt v rozbouřeném Atlantiku.

Další teorii formuloval Dr. Andrea Sella z University College London, který experimentálně prokázal, že výpary z unikajícího alkoholu mohly způsobit takzvanou tlakovou explozi. Ta by nevytvořila žádné stopy ohně nebo sazí, ale byla by dostatečně mohutná na to, aby přiměla kapitána k evakuaci lodi. Záznamy ukazují, že z nákladu uniklo přibližně 300 galonů alkoholu, což je více než dost na vytvoření takové exploze. Dr. Stella tuto hypotézu ověřil praktickým experimentem. Dnes se považuje za nejpravděpodobnější teorii, proč posádka opustila loď.

Jiná teorie se zaměřuje na pumpy, které slouží k čerpání vody ven z lodí. Je možné, že se jedna ucpala - byla totiž nalezena rozebraná. Mary Celeste na své předchozí plavbě převážela uhlí a také v tom období prošla rozsáhlými opravami. Piliny a uhelný prach mohly pumpy ucpat. Kapitán pak mohl přecenit množství vody v podpalubí a nařídit evakuaci. Zvláště, když se nacházeli na dohled od Azorských ostrovů.