Režisér Juraj Herz natočil Spalovače mrtvol podle literární předlohy Ladislava Fukse, který se navíc podílel na scénáři. Oba měli ale jinou představu o hlavní postavě - Karlu Kopfrkinglovi. Spisovatel si v ní představoval Josefa Somra, podle Juraje Herze byl ale Karel Kopfrkingl jen jeden, a tím byl Rudolf Hrušínský. Známý herec roli původně odmítl kvůli dlouhému scénáři, režisér ho ale nakonec přemluvil. Karel Kopfrkingl se pak stal jednou z hercových ikonických postav.
Juraj Herz navíc uvedl, že jde o jeden z jeho filmů, kterých si sám nejvíce cení. Podle něj měl v uvolněných 60. letech naprostou svobodu při jeho tvorbě a natočil ho přesně, jak chtěl. Film je jedinečný i díky na tehdejší dobu neobvyklé kameře. Kameraman Stanislav Milota totiž na natáčení používal speciální objektiv - rybí oko. Režisér později popsal, že byl do nové kamery zamilovaný a že kdyby ho točil později, už by objektivem natočil mnohem méně záběrů než tehdy.
V 60. letech vzniklo kromě Spalovače mrtvol několik desítek filmů, které vybočovaly z tehdejšího socialistického realismu. Nabízely změny v technologiích, ale i vypravěčských postupech a mnoho z nich po vpádu vojsk Varšavské smlouvy v srpnu 1968 skončilo v "trezoru". Mezi nejznámější filmy hnutí 60. let - československé nové vlny - patří kromě Spalovače mrtvol snímky Ucho (1970), Sedmikrásky (1966), Hoří, má panenko (1967) nebo Lásky jedné plavovlásky (1965).
