Před začátkem rekonstrukce byl na nádvoří i v místech, kde dnes stojí nová budova, archeologický průzkum. Nachází se totiž nad cennými parkánovými hradbami a sklepy. "Pomocí sond jsme si ověřili předpoklad, že v prostoru dvora zůstaly zachované sklepy dvou gotických domů – konkrétně domu nejvyššího písaře, později domu abatyše Jiřského kláštera, a domu nejvyššího hejtmana. Architektonický návrh byl pak upravován tak, aby historické konstrukce nebyly nenávratně zničeny," říká Gabriela Blažková z Archeologického ústavu Akademie věd České republiky.