Kromě surrealismu je v jeho tvorbě patrný vliv freudovské psychoanalýzy či rudolfinského manýrismu, například když s manželkou Evou Švankmajerovou (na fotografii z roku 2004) parafrázovali portréty manýristy Giuseppa Arcimbolda, jenž skládal tváře z částí rostlin či ovoce. Mezi své oblíbence a zdroje inspirace Švankmajer dále řadí spisovatele Lewise Carrolla, Edgara Allana Poea či markýza de Sade.
