Nejnáročnější částí rekonstrukce byla obnova původní podlahy, kterou Santini navrhl do tvaru pětiúhelníku. Dlaždice restaurátoři vyráběli ručně v Březí nad Oslavou, nedaleko Žďáru nad Sázavou, kde si pronajali pec od místní kachlárny, aby byli blíž kostelu.
