Příbramský rodák a žák slavného literárního vědce Václava Černého, s nímž sedával v pražské kavárně Slavia, vystudoval srovnávací historii literatury na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Po vojenské službě, kterou absolvoval u technického praporu, do roku 1958 pracoval jako redaktor v nakladatelství Československé akademie věd. Poté byl z politických důvodů propuštěn a přes 30 let překládal ve svobodném povolání. V 70. a 80. letech přispíval do samizdatových sborníků a revuí.
Jiří Pechar napsal například prózu Upilované mříže z roku 1977, filozofickou esej Člověk a pravda, analýzy samizdatové prózy Nad knihami a rukopisy či sbírku poezie Slovo v samotě. V knize Otázky literárního překladu z roku 1986 shrnul zásady, postupy a tendence moderní překladatelské práce.
Roku 2009 mu nakladatelství Torst vydalo vzpomínkovou knihu Život na hraně, svědectví o osudu českého vzdělance ve druhé polovině 20. století. Knihu rozčleněnou na 12 kapitol Pechar nazval podle úsloví o někom, kdo se pohybuje na hraně zákona. "Určitá míra riskující odvahy nebyla tak nebezpečná, jak se většina lidí tehdy domnívala," píše o životě za komunismu autor, jenž sice nepodepsal Chartu 77, avšak kvůli styku s disidenty a publikování v samizdatu byl terčem pozornosti Státní bezpečnosti.
V memoárech vzpomíná na setkání s estetikem Janem Mukařovským, výtvarníkem Jiřím Kolářem, spisovatelem Ludvíkem Vaculíkem či filozofy Jacquesem Derridou a Jeanem-Françoisem Lyotardem. Líčí také své cesty do Bulharska, Rumunska a Maďarska, kam v 70. letech vyrážel jen s batohem.
"Pechar je nenápadná velká postava českého intelektuálního života, pokud s ním spojujeme takové věci jako vzdělanost, profesionalitu, kompetenci. Je opakem mediálního intelektuála dnešní doby, který je schopen a ochoten okomentovat rychle kdeco, a ještě přitom to zajímavě vzápětí popřít," napsal kritik Jiří Peňás v Lidových novinách.
Po sametové revoluci se Jiří Pechar stal vědeckým pracovníkem Filozofického ústavu Československé akademie věd a vedoucím Oddělení pro filosofii 20. století, o šest let později byl habilitován na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy pracemi Otázky literárního překladu, Od příběhu k románu a Prostor imaginace, v němž vyložil základní pojmy učení Sigmunda Freuda a aplikoval je na literární teorii. Krátce vykonával funkci předsedy Obce překladatelů.
V roce 1991 jej francouzský ministr jmenoval důstojníkem Řádu pro literaturu a umění. Dále Pechar získal Cenu Toma Stopparda za překlady z francouzštiny, čestnou oborovou medaili Františka Palackého nebo pamětní medaili Jana Patočky.
