Švankmajer ve filmech často kombinuje animaci s triky a hranými scénami. Zdůrazňuje význam rozporů, originálně pracuje s humorem i napětím. Často ostře kritizuje společnost i úzus. "Umění se dostalo na šikmou plochu v okamžiku, kdy se začalo emancipovat od svých magických kořenů. Současné umění je v podstatě narcistní reklamou na osobu autora. Nejde tu o autentickou výpověď," řekl jednou. Na fotografii z jeho filmu Šílení jsou Anna Geislerová a Pavel Liška.
